Index

A | B | C | D | F | H | I | K | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W

A

acceptor_metal() (in module oddt.interactions)
addh() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
angle() (in module oddt.spatial)
angle_2v() (in module oddt.spatial)
Atom (class in oddt.toolkits.rdk)
atom_dict (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
atomicnum (oddt.toolkits.rdk.Atom attribute)
atoms (oddt.toolkits.ob.Bond attribute)
(oddt.toolkits.ob.Residue attribute)
(oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
AtomStack (class in oddt.toolkits.ob)
(class in oddt.toolkits.rdk)

B

base_feature_factory (in module oddt.toolkits.rdk)
Bond (class in oddt.toolkits.ob)
BondStack (class in oddt.toolkits.ob)

C

calcdesc() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
calcfp() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
canonic_order (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
charges (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
clear() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)
clone (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
clone_coords() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
close() (oddt.toolkits.rdk.Outputfile method)
close_contacts() (in module oddt.interactions)
coords (oddt.toolkits.rdk.Atom attribute)
(oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)

D

data (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
descs (in module oddt.toolkits.rdk)
dihedral() (in module oddt.spatial)
distance() (in module oddt.spatial)
draw() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)

F

findall() (oddt.toolkits.rdk.Smarts method)
Fingerprint (class in oddt.toolkits.rdk)
forcefields (in module oddt.toolkits.rdk)
formalcharge (oddt.toolkits.rdk.Atom attribute)
formula (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
fps (in module oddt.toolkits.rdk)

H

halogenbond() (in module oddt.interactions)
halogenbond_acceptor_halogen() (in module oddt.interactions)
has_key() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)
hbond() (in module oddt.interactions)
hbond_acceptor_donor() (in module oddt.interactions)
hydrophobic_contacts() (in module oddt.interactions)

I

idx (oddt.toolkits.ob.Residue attribute)
(oddt.toolkits.rdk.Atom attribute)
informats (in module oddt.toolkits.rdk)
isrotor (oddt.toolkits.ob.Bond attribute)
items() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)
iteritems() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)

K

keys() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)

L

localopt() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)

M

make3D() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
Mol (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
Molecule (class in oddt.toolkits.rdk)
MoleculeData (class in oddt.toolkits.rdk)
molwt (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)

N

name (oddt.toolkits.ob.Residue attribute)
neighbors (oddt.toolkits.rdk.Atom attribute)
num_rotors (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)

O

oddt (module)
oddt.interactions (module)
oddt.spatial (module)
oddt.toolkits (module)
oddt.toolkits.ob (module)
oddt.toolkits.rdk (module)
order (oddt.toolkits.ob.Bond attribute)
outformats (in module oddt.toolkits.rdk)
Outputfile (class in oddt.toolkits.rdk)

P

partialcharge (oddt.toolkits.rdk.Atom attribute)
pi_cation() (in module oddt.interactions)
pi_metal() (in module oddt.interactions)
pi_stacking() (in module oddt.interactions)
pickle_mol() (in module oddt.toolkits.ob)

R

raw (oddt.toolkits.rdk.Fingerprint attribute)
readfile() (in module oddt.toolkits.ob)
(in module oddt.toolkits.rdk)
readstring() (in module oddt.toolkits.rdk)
removeh() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
res_dict (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)
Residue (class in oddt.toolkits.ob)
ring_dict (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)

S

salt_bridge_plus_minus() (in module oddt.interactions)
salt_bridges() (in module oddt.interactions)
Smarts (class in oddt.toolkits.rdk)
sssr (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)

T

title (oddt.toolkits.rdk.Molecule attribute)

U

unpickle_mol() (in module oddt.toolkits.ob)
update() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)

V

values() (oddt.toolkits.rdk.MoleculeData method)

W

write() (oddt.toolkits.rdk.Molecule method)
(oddt.toolkits.rdk.Outputfile method)